При проведенні митного оформлення товарів та інших предметів крім мит підлягають сплаті також митні збори (ст.ст. 76-80 МКУ).

Митні збори справляються за виконання покладених на митницю обов'язків, зокрема: за митне оформлення транспортних засобів (у тому числі транспортних засобів індивідуального користування), товарів, спадщини, речей, які переміщуються через митний кордон України (у тому числі у міжнародних поштових відправленнях та вантажем), та інших предметів, а також за перебування їх під митним контролем.

Крім того, за надання послуг у галузі митної справи митні збори справляються: за митне оформлення товарів та інших предметів у зонах митного контролю на територіях і в приміщеннях підприємств, що зберігають такі товари та інші предмети, чи поза робочим часом, встановленим для митниці, і за зберігання товарів та інших предметів під відповідальністю митниці у випадках, коли передача їх на зберігання митниці не є обов'язковою.

Митні збори сплачуються як у національній валюті України, так і в іноземній валюті, що її купує Національний банк України, а збори за митне оформлення товарів, що є об'єктом зовнішньоторговельних угод, — у національній валюті України та іноземній валюті. Перерахунок іноземної валюти у національну валюту України здійснюється за курсом Національного банку України, що застосовується для розрахунків по зовнішньоекономічних операціях і діє на день пред'явлення митницею вимоги про сплату митних зборів.

Ставки митних зборів встановлюються у порядку, визначеному Кабінетом Міністрів України, при чому ставки митних зборів що справляються за надання послуг в галузі митної справи встановлюються виходячи з того, що розмір цих ставок не повинен перевищувати приблизної вартості митних послуг.

Митні збори формально не відносяться до засобів митного регулювання, оскільки вони є платою за послуги митних органів по митному оформленню, митному супроводженню, зберіганню, транспортуванню товарів та транспортних засобів, проведенню санітарного, екологічного, радіологічного та інших видів контролю. Але існує механізм надання пільг окремим фізичним та юридичним особам щодо сплати митних зборів (наприклад при ввозі гуманітарної допомоги) що вже можна розцінювати як реалізацію певних елементів митної політики.

При переміщені товарів через митний кордон України сплачуються також акцизи і податок на додану вартість. Як правило, ці види платежів виконують фіскальні завдання, оскільки згідно з вимогами ГАТТ/СОТ одним з головних принципів державного регулювання зовнішньоекономічних відносин е принцип національного режиму, тобто повинні застосовуватись однакові внутрішні правила (в тому числі внутрішні податки) як щодо товарів національного походження, так і для імпортованих.

При ввозі на митну територію України деяких видів товарів, наприклад, алкогольних і тютюнових виробів, сплачується акцизний збір. Декрет Кабінету Міністрів визначає акцизний збір як "непрямий податок на високорентабельні та монопольні товари (продукцію), що включається до ціни цих товарів (продукції)". Акцизний збір нараховується або за ставками у процентах до обороту з продажу, або у твердих сумах з одиниці реалізованого товару. У першому випадку нарахування здійснюється виходячи з митної вартості товарів. Перелік підакцизних товарів та ставки акцизного збору визначаються Верховною Радою України.

Згідно з Законом України "Про податок на додану вартість", зокрема п. 3.1.2 та 3.1.3 ст. З цього Закону, "ввезення (пересилання) товарів на митну територію України та отримання робіт (послуг), що надаються нерезидентами для їх використання або споживання на митній території України, в тому числі операції з ввезення (пересилання) майна за договорами оренди (лізингу), застави та іпотеки"; а також "вивезення (пересилання) товарів за межі митної території України та надання послуг (виконання робіт) для їх споживання за межами митної території України" є об'єктом оподаткування. Виключення складають товари, що ввозяться або пересилаються фізичними особами в обсягах, що не підлягають оподаткуванню згідно з законодавством; товари, що передаються безкоштовно як благодійна допомога (з деякими виключеннями); вивозяться для постачання українських морських та повітряних суден за кордоном і т. д.

Ставка ПДВ складає 20%, а базою оподаткування для товарів, які ввозяться на митну територію, є договірна вартість таких товарів, але не менша митної вартості з урахуванням витрат на транспортування та страхування до пункту перетину митного кордону України, сплати всіх податків та зборів, за винятком ПДВ, що включаються до ціни товару згідно з законами України з питань оподаткування.